中心设有办公室（党委办公室）、人事科、财务审计科、安全技术质量部、离退休服务科、地质数据资源中心、地质数据开发中心、地质数据治理中心和地质数据发展中心（科普办）9个内设机构。

　(一）办公室（党委办公室）。负责中心日常运转工作；承担文电、机要、档案、宣传、信访维稳、信息公开、信息化管理、后勤保障、政策法务、政府采购、合同管理等工作；承担基地物业管理；承担党建及纪检、群团等工作。

（二）人事科。负责中心干部人事、机构编制、队伍建设、劳动工资、职称申报、岗位聘任、教育培训、综合考核和研究生工作站等日常管理工作，承担中心人才工作和职工队伍建设工作。

（三）财务审计科。负责制定中心财务、资产、审计管理规定制度；负责财务管理与会计核算工作；负责国有资产管理、绩效管理、内部控制等工作；承担内部审计等工作。

（四）安全技术质量部。负责中心安全生产管理工作；负责编制中心科技发展规划；负责开展科研项目立项、项目技术管理、科技创新平台建设、对外交流合作；负责质量环境职业健康安全体系运行管理及资质建设、科技成果管理与转化应用。

（五）离退休服务科。负责中心离退休人员服务等工作。

（六）地质数据资源中心。承担局地质数据资源要素化、标准化和数据库建设工作，开展数据集成研究、服务能力提升等工作。主要负责野外勘查调查成果编录、现场原始数据记录、地质资料收集、数据采集、监督管理，以及成果资料入库归档、分类存储等工作。

（七）地质数据开发中心。承担局地质数据平台的建设、研发和推广应用工作；对接行业平台，开展（分）节点建设、维护和资源共享服务工作；开展智慧找矿、数字城市、智能监测预警等大数据基础应用研究工作。主要负责地质数据应用和平台一体化管理等全过程服务，服务涵盖地质调查、矿产资源勘查、生态文明建设、国土空间开发利用、地灾防治、绿色环保矿业、自然资源管理等现场需求调研、应用测试和场景建设。

（八）地质数据治理中心。承担局数据治理战略行动、基础设施保障，开展数智化、数字化转型研究；为数据基础设施、数据系统管理与维护、数据处理和存储等提供技术支撑。主要负责野外监测设备现场安装调试维护、关键信息现场核查、收集整理野外一手资料用于地质大模型训练、系统集成研究、数据分类分级管理等工作。

（九）地质数据发展中心（科普办）。承担“国家自然资源科普基地”的基地管理运行工作，依托大数据资源和信息技术，开展地质科普、融合媒体宣传和新方法技术研究工作；承担地质大数据的宏观分析研究工作，开展地质大数据服务于行业高质量发展前瞻性、战略性研究。主要负责地质相关行业调研、野外地质科普素材采编、地质科普现场教学点建设和现场科普等工作。